Matsui – apodado 'Godzilla' – pasó siete temporadas con los Yanquis de Nueva York (2003-09), se combinan para batear .292 (977-por-3, 348) con 536 carreras, 196 dobles, 140 jonrones y 597RBI.
El dos veces All-Star (2003-04) no se perdió un partido en sus primeros tres años con los Yankees, jugando 518 juegos consecutivos – que sigue siendo la más larga racha de partidos consecutivos jugados para iniciar una carrera en la Major League Baseball.
En su último partido como un yanqui, Matsui se fue 3-por-4 con un jonrón y 6RBI enla Serie Mundial en la que los Yankees ganaron la a Philadelphia el 4 de noviembre de 2009.
En esa Serie Mundial Matsui resultó escogido como el Jugador Más Valioso.